Un grupo de investigadores informó recientemente en la revista Nature, que han determinado la estructura química exacta de la cápside vírica del virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), una cubierta de proteína que protege el material genético del virus y es la clave de su virulencia. Esta cápside se ha convertido en un objetivo atractivo para el desarrollo de nuevos fármacos antirretrovirales.
Los científicos habían intentado durante mucho tiempo entender cómo está constituida la cápside del VIH. Para esto, los investigadores han usado una variedad de técnicas de laboratorio para mirar las partes individuales de la misma, revelando detalles que los ayudaran a obtener un sentido del todo.
Sin embargo, no fue sino hasta la llegada de los súper ordenadores a petaescala que terminaron de reunir las piezas faltantes del rompecabezas. Y fue gracias a un súper ordenador de la Universidad de Illinois, que una de las estructuras más grandes y complejas jamás estudiadas, quedó resuelta. Y no es para menos, para lograrlo se requirió de una simulación molecular que implicó sesenta y cuatro millones de átomos.
La investigaciones anteriores, habían demostrado que la cápside contiene una serie de proteínas idénticas. Y los científicos saben que dichas proteínas se disponen en pentágonos y hexágonos, sin embargo, ellos no sabían cuántos de estos bloques de construcción de proteínas eran necesarias, o cómo estos pentágonos se unen para formar la cápside.
El trabajo de hacer coincidir la cápside general, hecha de sesenta y cuatro millones de átomos, a los diversos datos experimentales, sólo puede hacerse a través de una simulación por ordenador. Básicamente, los científicos trataron de simular las características físicas y el comportamiento de las moléculas biológicas grandes, además de incorporar los datos en la simulación para que el modelo en realidad pudiera conducirse de acuerdo a esos datos.
